1585
El Museo de la Ciudad de Antequera tiene su origen lejano en la construcción del conocido como Arco de los gigantes, en 1585 espacio considerado el primer museo arqueológico público de España, y donde se recogen una importante colección epigráfica y escultórica de época romana vinculada a la ciudad.
1908
En 1908, por acuerdo del Ayuntamiento, y a propuesta del arqueólogo D. Rodrigo Amador de los Ríos, nace el «Museo Arqueológico Municipal». Su instalación primera se hizo en uno de los corredores bajos del Palacio Municipal, donde a lo largo de más de cincuenta años se fue reuniendo una importante colección de piezas de valor histórico, la mayoría de ellas de época romana.
1966
En 1966 se crea el Museo Municipal de Antequera, la nueva instalación se hizo en el Palacio de Nájera, que tuvo que ser rehabilitado a tal efecto y cuyas obras se prolongaron hasta comienzos de los años setenta del pasado siglo. Finalmente fue inaugurado oficialmente el 15 de marzo de 1972 por los entonces Príncipes de España, Don Juan Carlos y Doña Sofía.
2009-2011
Durante los años 2009 a 2011 acometieron las obras de ampliación y mejora del Museo que, desde su reapertura, pasó a denominarse «Museo de la Ciudad de Antequera». Estas obras han supuesto la rehabilitación del antiguo palacio de Nájera y la construcción de dos edificios anexos de nueva planta. El conjunto resultante suma un total de unos cinco mil metros cuadrados construidos, de los que la mitad se dedican a salas expositivas, convirtiéndose en uno de los museos más importantes de la comunidad andaluza en el ámbito municipal.